Bilirkişiler, görevleriyle ilgili tutum ve davranışlarının veya hazırladıkları raporların mevzuata uygunluğu bakımından bölge kurulları tarafından re ’sen veya başvuru üzerine denetlenir. Görevlendirmeyi yapan merci, görevlendirdiği bilirkişinin göreviyle ilgili tutum ve davranışlarının veya hazırladığı raporun mevzuata uygun olmadığına ilişkin kanaat edinmesi durumunda, varsa dayanak bilgi ve belgeleri de ekleyerek, bu hususu bölge kuruluna bildirir.
Bölge kurulları, bilirkişi raporlarının kanun, tüzük, yönetmelik ve genelgelerde gösterilen usul ve esaslara uygun hazırlanıp hazırlanmadığı ile Daire Başkanlığı tarafından belirlenen rehber ilkelerle bağdaşıp bağdaşmadığı hususlarını denetler. Bölge kurulu başkanı, bilirkişilik temel ilkeleri ile etik ilkeleri ihlal ettiği iddia edilen bilirkişiler hakkında başvuru üzerine veya re ‘sen gerekli inceleme ve araştırmayı bizzat yapabileceği gibi bölge kurulu üyelerinden biri vasıtasıyla da yapabilir.
Bilirkişiler hakkında yapılan denetim sonucunda 48 inci maddenin birinci fıkrasının (a), (b), (c), (ç) ve (d) bentlerinde belirtilen şartlardan birinin gerçekleşmesi hâlinde sicilden ve listeden çıkarma kararı verilir. Bilirkişiler hakkında yapılan denetim sonucunda 48 inci maddenin birinci fıkrasının (b), (c), (ç) ve (d) bentlerinde belirtilen hâllerde ihlalin niteliğine göre sicilden ve listeden çıkarma yaptırımı yerine uyarma veya bir yıla kadar geçici süreyle listeden çıkarma yaptırımı uygulanabilir.
Bilirkişilik sicili ve listesinde kayıtlı olmayıp da 50.nci maddenin dördüncü fıkrası uyarınca görevlendirilenler ile listeye kaydolmaktan muaf tutulanlar, temel ilkeler ile etik ilkelere aykırı olarak bilirkişilik faaliyetinde bulunduklarının tespit edilmesi hâlinde, görevlendirmeyi yapan merciin yetki çevresinde bulunan bölge kurulu tarafından re ‘sen veya başvuru üzerine denetim ve incelemeye tabi tutularak, bölge kurulu kararı ile bilirkişilik yapmaktan yasaklanabilir. Bu karar, ilan edilmek üzere Daire Başkanlığına bildirilir. Bilirkişinin geçici veya sürekli olarak sicilden ve listeden çıkarılması ile bilirkişilik yapmaktan yasaklama kararına karşı yapılan itirazın bölge kurulunca reddedilmesi halinde, bu karar aleyhine idari yargı yoluna başvurulması durumunda ayrıca yürütmeyi durdurma kararı verilmedikçe ilgili, bilirkişilik yapmaktan el çektirilerek UYAP sistemindeki kaydı pasif hale getirilir.